Nach der Matura 1974 am Bischöflichen Gymnasium Petrinum studierte er in Linz katholische Theologie und trat in das Priesterseminar ein. Von 1976 bis 1981 setzte er seine Studien an der Päpstlichen Universität Gregoriana in Rom fort. Am 10. Oktober 1980 empfing er in Rom das Sakrament der Priesterweihe. Anschließend wirkte er bis 1985 als Seelsorger in der Diözese Linz. Von 1985 bis 1988 war der neue Linzer Bischof Assistent am Institut für Dogmatik und Ökumene an der Theologischen Fakultät der Albert-Ludwigs-Universität Freiburg, wo er 1989 seine Dissertation vollendete. Nach verschiedenen Lehrtätigkeiten in Linz, Freiburg, Salzburg und St. Pölten lehrte er ab dem Wintersemester 2000/2001 als ordentlicher Professor für Dogmatik und Dogmengeschichte an der Theologischen Fakultät Trier. Am 21. Oktober 2003 wurde Dr. Manfred Scheuer von Papst Johannes Paul II. zum Diözesanbischof der Diözese Innsbruck ernannt. Die Ernennung zum Bischof von Linz durch Papst Franziskus erfolgte am 18. November 2015. Am Sonntag, 17. Jänner 2016, wurde Bischof Manfred Scheuer in Anwesenheit von Kardinal Christoph Schönborn und zahlreichen Bischöfen im Linzer Mariendom feierlich in sein Amt eingeführt. Zu dieser Feierlichkeit waren die Linzer Familiaren bereits von Bischof Manfred eingeladen.