Die Kommission wurde 1985 in Wien gegründet von Wissenschaftlern aus der Bundesrepublik Deutschland, Italien, Österreich und Polen. Ihr Zweck ist die wissenschaftliche Erforschung der Geschichte des Deutschen Ordens von den Anfängen bis zur Gegenwart in ihren regionalen, europäischen und universellen Bezügen. Dieser Zweck soll in interdisziplinärer Arbeit, in Zusammenarbeit mit bereits bestehenden Institutionen oder Arbeitskreisen und in kritischer Auseinandersetzung mit den Traditionen nationalgeschichtlicher Forschung in internationaler Kooperation erreicht werden. Dazu sollen die Erschließung von Quellen und Literatur, die kritische Aufarbeitung vorhandener Quelleneditionen und Darstellungen, die Förderung neuer wissenschaftlicher Untersuchungen und Darstellungen durch einzelne Personen und Vereinigungen, die Gewinnung von Nachwuchsforschern und die Veranstaltung internationaler Konferenzen angeregt und unterstützt werden.

Die Kommission hat derzeit 30 ordentliche Mitglieder aus Belgien, Deutschland, Estland, Italien, Lettland, Litauen, den Niederlanden, Polen und Rußland sowie 3 Fördermitglieder.

Der Vorstand besteht aus den Herren Prof. Dr. Dr. h.c. Udo Arnold (Universität Bonn/Deutschland, Präsident), Prof. Dr. Hubert Houben (Universität Lecce/ Italien, Vizepräsident), Prof. Dr. Roman Czaja (Universität Torun (Thorn)/Polen, Schriftführer), Prof. Dr. Klaus Militzer (Universität Bochum/Deutschland, Schatzmeister) sowie als Beisitzer Dr. Guido De Dijn (Universität Antwerpen/Belgien) und Prof. Dr. Thomas Jasinski (Universität Poznan (Posen)/Polen).