Das traurige Ende des Deutschen Ordens im Sudetenland
Mit der Weltwirtschaftskrise und der nationalsozialistischen Machtübernahme in Deutschland nahm in den tschechischen Gebieten mit deutschsprachiger Bevölkerung der Nationalismus zu, doch erkennen auch viele tschechische Historiker inzwischen an, dass Nordmähren und Schlesien eine lange Zeit resistent blieben. Die deutsche christlich-soziale Partei, vom Orden unterstützt, zeigte sich als ein großer Gegner Konrad Henleins und seiner sudetendeutschen Partei, die ungefähr seit Mitte der 30er Jahre unter dem Motto "Heim ins Reich" die Vereinigung mit Nazideutschland verlangte. Die Krise kam im Jahr 1938. Reichskanzler Hitler drohte offen mit einem Angriff auf die Tschechoslowakei und das tschechische Militär wurde mobil gemacht. Der Orden stellte der Armee mehrere Ordensgebäude kostenlos zur Verfügung und schenkte der Republik 15 Millionen Kronen für den Aufbau von Befestigungsanlagen in Schlesien. Ende September 1938 wurden aber im "Münchner Abkommen" die sudetendeutschen Gebiete Nazideutschland angeschlossen.
Die Situation des Ordens wurde schnell problematisch und unübersichtlich. Der neue Stillhaltekommissar der sudetendeutschen Gebiete erließ im Oktober 1938 eine Anordnung, nach der alle Organisationen "nationalsozialistisch ausgerichtet und geführt werden müssen". Inzwischen erfolgten auch erste Eingriffe in den Ordensbesitz. Es begann ein Kampf um die Existenz des Ordens; vor allem Hochmeister Schälzky intervenierte bei vielen verschiedenen Stellen um die Erhaltung des Ordens und seiner karitativen Arbeit. Die neuen Machthaber entschieden anders und am 27. Februar 1939 erließ der Stillhaltekommissar ein Dekret, nach dem der Deutsche Orden im Sudetenland aufgelöst wurde. Das Vermögen "werde unter Ausschluss der Liquidation eingezogen". Die Schulen und Krankenhäuser des Ordens fielen den kommunalen Wohlfahrtsverbänden zu, die Ordensschwestern wurden aus dem Schuldienst entlassen. Hochmeister Schälzky, dem schon vorher seine angebliche "tschechenfreundliche" Haltung seitens des Gestapo zum Vorwurf gemacht wurde, wurde als eine unzuverlässige Person in einem Forsthaus interniert. Ein Ordensbruder, Generalrat P. Heribert Kluger, wurde aufgrund seiner kompromisslosen Ablehnung der nationalsozialistischen Machthaber zunächst als Religionslehrer zwangspensioniert, später dann verhaftet. Er starb im Jänner 1945 in KZ Dachau und wird zu den Märtyrern des 20. Jahrhunderts gezählt.
Der Orden, der in seiner 800jährigen Geschichte stolz in seinem Namen "Deutsch" trug, wurde von einem deutschen Regime aufgelöst. Der Nationalsozialismus hat die Geschichte und die Symbolik des Ordens missbraucht, um eigene Ideologie zu rechtfertigen. Obwohl der Orden im Sinne der Reichsgesetzgebung nicht mehr existierte, blieb er aber nach dem kanonischen Recht bestehen: Rom hat der Auflösung nie zugestimmt. Die ganze problematische Frage spielt noch heute eine gewisse Rolle im Zusammenhang mit der Frage des Ordenseigentums in Tschechien. Dort wird der Deutsche Orden oft auch heute noch gegen alle historischen Tatsachen als eine Institution angesehen, die mit den Nazis verbunden war.